El uso adecuado del cloro es esencial en la purificación y desinfección de la piscina. Según la OMS, la principal fuente de virus y bacterias en las piscinas provienen de las heces depositadas accidentalmente por los usuarios y de excrementos de pájaros o roedores si es el caso de piscinas que se encuentran al aire libre. La Organización Mundial de la Salud también afirma que los virus y bacterias provenientes de las mucosas, la saliva y la piel de los bañistas puede ser causa de adenovirus, que causa conjuntivitis y faringitis.
Otro parásito que se contagia a través de estas vías es el Giardia intestinalis, un parásito que provoca náuseas, calambres y diarrea. La bacteria Escherichia coli, que provoca diarreas y colitis también se puede transmitir a través del agua si esta no tiene una suficiente cantidad de cloro, bromo o un pH en su índice correcto. Además, los bañistas tampoco estarán exentos de contraer el pie de atleta, provocado por el Tinea pedis. Todas estas bacterias y virus, suelen aparecer cuando se trata de un ambiente muy condensado, unas tuberías sucias y un uso inadecuado o inexistente de desinfectantes.
Los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades de EE.UU han demostrado que el cloro y el pH, en sus niveles adecuados, matan a los gérmenes eficazmente. Algunos científicos belgas están también de acuerdo en que el uso suficiente de cloro es muy necesario ya que es el mejor desinfectante que existe actualmente. También afirman que, a pesar de que su exceso puede ser también perjudicial para la salud, no existe en el mercado ningún químico que pueda sustituir al cloro para la desinfección adecuada del agua.
El funcionamiento de este químico es muy sencillo: cuando el cloro se añade al agua se convierte en un ácido llamado ácido hipocloroso que actúa contra bacterias y gérmenes que pueden causar las enfermedades mencionadas más arriba. Hay muchas variedades de cloro disponibles para la correcta desinfección de las piscinas. Hay químicos compuestos a base de cloro como por ejemplo el gas de cloro, el hipoclorito de sodio (lejía líquida), hipoclorito de calcio, de litio o isocianuratos clorados. Estos compuestos químicos actúan de la misma manera, liberando ácido hipocloroso que mata las bacterias y gérmenes.
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